Taller de Desarrolladores Latino Americanos de R/BioConductor 2018

Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática

Pre-requisitos

Requisitos de conocimientos previos

  • Los participantes deberán tener conocimientos básicos del lenguaje de programación R: asignación de variables, lectura de archivos: read.csv, read.delim, read.table; estructuras de datos: matrix, dataframe, list; tipos de datos: character, numeric, factor, logical, etc; instalación y uso de paquetes.

  • Saber instalar paquetes de R.

  • Saber usar RStudio.

Requisitos técnicos

  • Computadora Personal Un mínimo de 8 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen. Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.

Introducción

En años recientes, la biología ha visto un aumento en el uso de tecnologías que permiten generar datos de forma masiva, cuantitativa y que permiten hacer perfiles de estados celulares. Como resultado, el campo ahora se enfrenta con retos relacionados a la cantidad de datos. El proyecto de R/Bioconductor es una plataforma para compartir software libre que provee de herramientas para traducir la complejidad de los datos en conocimiento biológico.

Este taller está enfocado hacia alumnos e investigadores interesados en analizar datos biológicos. Queremos promover solicitudes de expertos en diversas disciplinas, incluyendo mas no limitandonos a biológos, bioinformáticos, científicos de datos, ingenieros de software, programadores y usuarios de R en general. Los principales objetivos del taller son:

  1. Enseñarle a los participantes los principios de la ciencia de datos vía el desarrollo de paquetes de R/Bioconductor.

  2. Transformar usuarios de software de bioinformática en desarrolladores de software de bioinformática.

  3. Fomentar el intercambio de conocimiento y establecer colaboraciones multidisciplinarias.

  4. Crear una comunidad de científicos Latino Americanos comprometidos con el desarrollo de software para análisis de datos biológicos.

  5. Entrenar a instructores en bioinformática para que puedan fomentar el crecimiendo de sus comunidades locales.

Este taller es parte de un proyecto a largo plazo para crear una comunidad Latino Americana de desarrolladores de software. Esperamos poder organizar talleres en el futuro de forma sistemática (similar a BioC, EuroBioC y BioCAsia) donde los participantes presenten sus contribuciones de software. Queremos proveer un ambiente amigable para todos así que les pedimos que sigan el código de conducta.

Programa

Materiales

Día 1: July 30, 2018
09:00 - 10:00 Inauguration in the main auditorium
10:00 - 10:30 Keynote Lecture I: From learning to using to teaching to developing R Leonardo Collado-Torres
10:30 - 11:00 Talk I: Example of Bioinformatics in Mexico Daniel Piñero
11:00 - 11:20 Coffee break
11:20 - 12:20 Creating a package Alejandro Reyes
12:20 - 12:40 Break
12:40 - 14:00 Version control with git and GitHub Selene L. Fernandez-Valverde
14:00 - 15:30 Lunch break
15:30 - 16:15 Open source software projects and collaborative development Selene L. Fernandez-Valverde
16:45 - 17:30 Package documentation Alejandro Reyes
17:30 - Welcome cocktail
Día 2: July 31, 2018
9:00 - 10:00 Keynote Lecture II Martin Morgan
10:00 - 10:30 Talk II: Example of Bioinformatics in Mexico: Using R-Shiny in Agrobiodiversity Alejandro Ponce-Mendoza
10:30 - 11:00 Coffee break
11:00 - 12:15 Best practices for writing efficient functions Martin Morgan
12:15 - 13:45 Bioconductor: core package, common objects and extending classes Benilton de Sá Carvalho
13:45 - 15:30 Lunch break
15:30 - 17:30 S4 - system for object oriented programming Martin Morgan
17:30 - 18:30 Poster session
Día 3: August 1, 2018
9:00 - 10:00 Collaborative project organization and introduction Daniela Ledezma-Tejeida
10:00 - 10:30 Vignette writing with markdown/BiocStyle Benilton de Sá Carvalho
10:30 - 10:50 Coffee break/Event Photo (to be confirmed)
10:50 - 11:30 Unit testing and R CMD check Martin Morgan
11:30 - 12:10 Rcpp (Adding C/C++ code to R packages) Benilton de Sá Carvalho
12:10 - 12:30 Break
12:30 - 14:00 Debugging and Parallelization Martin Morgan
14:00 - 15:30 Lunch break
15:30 - 17:30 Working on a Collaborative Project
Día 4: August 2, 2018
9:00 - 10:00 Keynote Lecture IV Benilton Carvalho
10:00 - 10:30 Talk III: RLadies Community Experience Teresa Ortíz
10:30 - 11:00 Coffee break
11:00 - 14:00 Working on a Collaborative Project
14:00 - 15:30 Lunch break
15:30 - 17:30 Working on a Collaborative Project
Día 5: August 3, 2018
9:00 - 10:00 Working on a Collaborative Project and recovery from La Palapa
10:00 - 10:30 Working on a Collaborative Project
10:30 - 11:00 Coffee break
11:00 - 11:30 Working on a Collaborative Project
11:30 - 12:30 Presentations of collaborative projects
12:30 - 13:00 Closing remarks and community building

Instructores:

Comité organizador:

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Queremos ayudarte a acquirir las habilidades necesarias para contribuir software libre para la bioinformática usando R

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