Taller CDSB 2024: Desarrollo de paqueterías de R/Bioconductor

TIB2024 RMB NNB CCG-UNAM

Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)

Es un placer anunciar que la CDSB, junto con la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y el Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM (NNB-CCG), está organizando el taller Desarrollo de paqueterías de R/Bioconductor como parte del Encuentro Nacional de Bioinformática México 2024.

¿Qué vas a aprender?

En este taller aprenderás cuáles son los pasos cruciales para desarrollar un paquete de R y algunas buenas prácticas para la generación de código. Con la integración de estas herramientas, tendrás la oportunidad de crear tu primer paquete y contribuir a la comunidad de desarrolladores.

¿A quién va dirigido?

Este curso está dirigido a personas que desean aprender a desarrollar paquetes para utilizando herramientas de R/Bioconductor.

¿Qué requisitos debo cumplir para asistir a este taller?

Este taller es de un nivel Avanzado, por lo que necesitarás contar con algunos conocimientos previos:

  • Conocimientos básicos de RStudio:
    • Creación de Rscripts, manejo de la consola de RStudio, manejo del espacio de visualización.
  • Conocimientos intermedios de R:
    • Manejo de variables, lectura de archivos, creación y manejo de data frames y listas.
    • Generación de gráficas.
    • Cómo instalar paquetes desde CRAN y Bioconductor.

Requisitos técnicos:

  • Computadora Personal. Un mínimo de 4 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen.
  • Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.
  • Tener instalado R y RStudio en su última versión.

Instructores

Instructores:

Programa

Día 1: Flujo de trabajo orientado a proyectos:

  • Introducción al flujo de trabajo orientado a proyectos.
  • Paths seguros.
  • Buenas prácticas de configuración y mantenimiento de espacios de trabajo.
  • Modificando los archivos de inicio de R.
  • Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto.

Día 2: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I

  • Control de versiones con GitHub y RStudio.
  • Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio.
  • Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor.
  • Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
  • Documentación de funciones.
  • Sesión social: Conociendo a la comunidad.

Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II

  • Diseño de pruebas.
  • Creación de viñetas.
  • Compilación e instalación de paquetes.
  • Proyectos colaborativos Parte I.

Día 4: Proyectos colaborativos

  • Proyectos colaborativos Parte II.
  • Presentación de proyectos.
  • Clausura.

¡Les esperamos!

Organizadores

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Queremos ayudarte a acquirir las habilidades necesarias para contribuir software libre para la bioinformática usando R

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