Taller CDSB 2022: Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor.

CDSB

Apr 6, 2022 3 min de lectura Events, rstats

TIB2022	RMB	NNB	CCG-UNAM

Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)

Estamos encantadxs de anunciar que la CDSB, junto con la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y el Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM (NNB-CCG), está organizando el taller Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor como parte del Encuentro Nacional de Bioinformática México 2022.

Nivel: Avanzado
Idioma: Español.
¿Dónde? Este taller se impartirá en línea a través de Zoom.
¿Cuándo? 01 al 05 de agosto de 2022, en horario de 9:00am a 5:00pm hora Ciudad de México.
Duración: 40 horas.
Registro
Twitter: @CDSBMexico
Facebook: @CDSBMexico
GitHub: https://github.com/ComunidadBioInfo/cdsb2022
Página del taller: https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2022
Calendario

¿Qué vas a aprender?

En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos de microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor.

Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica; además, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica y aprenderás también cómo documentar tu código utilizando RMarkdown.

¿A quién va dirigido?

Este curso está dirigido a personas que desean aprender cómo reconstruir genomas desde metagenomas y hacer predicciones metabólicas, así como contribuir en el desarrollo de herramientas bioinformáticas en esta área. Las personas que deseen inscribirse al taller deben contar con conocimientos de linux, R, análisis de calidad de secuencias de NGS y ensamble metagenómico.

¿Qué requisitos debo cumplir para asistir a este taller?

Este taller es de un nivel Avanzado, por lo que necesitarás contar con algunos conocimientos previos:

Conocimientos básicos de secuenciación de metagenomas y ensamblado
- Saber qué son los reads.
- Control de calidad de secuencias de NGS.
- Ensamble de metagenomas.
Conocimientos básicos de RStudio.

Requisitos técnicos:

Computadora Personal. Un mínimo de 8 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen.
Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.

Instructores

Instructores:

Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa: Estancia Postdoctoral en la Universidad de Texas en Austin.
Dra. Joselyn Chávez Fuentes: Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
M.C. Erick Cuevas Fernández: Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
Dra. Alejandra Medina Rivera: Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
Dra. Yalbi Balderas Martínez: Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.

Instructores invitados: