Bienvenida

Les damos la bienvenida al Workshop Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor!

En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor.

Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica, aprenderás también cómo documentar tu código utilizando RMarkdown.

0.1 Instructores

0.2 Ponentes invitados

0.3 Ayudantes

  • M.C. Diana Oaxaca
  • M.C. Marisol Navarro
  • M.C. José Antonio Ovando
  • Dr. Otoniel Maya Lucas

0.4 Temario

Consulta el calendario de este curso en: https://bit.ly/calendarcdsb2022

0.4.1 Lunes 01 de agosto

Horario Tema Instructor
09:00-09:30 Bienvenida. Comité organizador EBM 2022
09:30-10:30 Presentación de la CDSB. Comité organizador CDSB 2022
11:00-12:00 Plática: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica. Dr. Brett Baker
12:00-14:00 Control de versiones con GitHub y RStudio. Dra. Alejandra Medina
15:00-17:00 Generación de Reportes con R markdown. M.C Erick Cuevas Fernández y Dra. Joselyn Chávez

0.4.2 Martes 02 de agosto

Horario Tema Instructor
9:00-10:00 Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor. Dr. Leonardo Collado Torres
10:00-11:00 Introducción a Conda Dr. Otoniel Maya Lucas
11:30-13:00 Reconstrucción de genomas. Parte I Binning M.C. Diana Oaxaca y Dra. Mirna Vazquez Rosas Landa
13:00-14:00 Plática: Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica. Dra. Yalbi Balderas
15:00-17:00 Reconstrucción de genomas. Parte II Dra. Yalbi Balderas

0.4.3 Miércoles 03 de agosto

Horario Tema Instructor
9:00-10:30 Asignación taxonómica. Dra. Mirna Vázquez
11:30-13:30 Análisis de vías metabólicas. Parte I Dra. Mirna Vázquez y Dra. Yalbi Balderas
15:00-17:00 Análisis de vías metabólicas. Parte II Dra. Mirna Vázquez y Dra. Yalbi Balderas

0.4.4 Jueves 04 de agosto

Horario Tema Instructor
9:00-11:00 Un vistazo a la creación de paquetes de R/Bioconductor Dra. Joselyn Chávez
11:30-14:00 Proyecto colaborativo. Parte I Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, M.C. Erick Cuevas
15:00-17:00 Proyecto colaborativo. Parte II Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, M.C. Erick Cuevas

0.4.5 Viernes 05 de agosto

Horario Tema Instructor
9:00-11:00 Proyecto colaborativo Parte III Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, Dra. Erick Cuevas
11:30-13:30 Presentación de proyectos Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, Dra. Erick Cuevas
13:30-14:00 Clausura Organizadores CDSB 2022

0.5 Patrocinadores

Agradecemos a nuestros patrocinadores:

0.6 Licencia

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