Bioconductor

El impacto de la CDSB en mí

Por Erick Cuevas Fernández, M. en C., Bioinformático. Universidad Nacional Autónoma de México. Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Laboratorio de Biología de Sistemas y Medicina Traslacional. @ErickCuevasF En 2018 escuché de un workshop donde Martin Morgan se presentaba en México, en ese entonces solo tenía unos cuantos meses aprendiendo a usar R. En tiempo desconocía quién era Martin Morgan y tenía vagas nociones de Bioconductor. Ese año inicié a tomar los talleres internacionales de bioinformática.

CDSB: la historia de una comunidad diversa y de superación en México que aspira a empoderar a desarrolladores locales de R

Esta entrada en el blog fue enviada al blog del R Consortium donde fue publicada el 03/18/2020. He ido a congresos de R desde 2008, y mientras he visto a la comunidad de R crecer rápidamente, generalmente no me topo con otras, otros y otrxs desarrolladores latinoamericanos (LatAm) en las diferentes comunidades de desarrolladores de R. Tradicionalmente, la, el o lxs investigadores líderes de un laboratorio inmerso con R o Bioconductor le enseñarían a sus alumnos, alumnas, alumnxs y aprendices estas habilidades, convirtiéndose así en un nodo local de la comunidad de R.

De usuarios de Bioconductor a desarrolladores: nuestro primer paquete

Hace un par de años creamos la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) porque estabamos consternados con la baja representación de Latino Americanos en la comunidad de Bioconductor y la comunidad de R en general. Para la historia completa checa este blog post. Desde que creamos la CDSB, un objetivo central ha sido el ayudar a los usarios de Bioconductor en volverse desarrolladores de Bioconductor. Para lograr este objetivo, hemos organizado talleres de una semana en México de bajo costo durante los veranos de 2018 and 2019 en conjunto con los TIBs (NNB-UNAM) y la RMB.

El camino de CDSBMexico 2018 a BioC2019

Hace un año la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) organizó un taller de una semana diseñado para entrenar a usuarios de R en como crear paquetes de R e idealmente compartirlos vía Bioconductor. El taller en sí fue todo un éxito basado en nuestro resumen del evento. Sin embargo, no queríamos parar ahí. Creamos la CDSB y juntamos fuerzas con los TIB (“Talleres Internacionales de Bioinformática”) de la NNB-UNAM con el objetivo de simular en conjunto un evento anual de BioC.