Bienvenida
0.1
Instructores
0.2
Ponentes invitados
0.3
Ayudantes
0.4
Temario
0.4.1
Lunes 01 de agosto
0.4.2
Martes 02 de agosto
0.4.3
Miércoles 03 de agosto
0.4.4
Jueves 04 de agosto
0.4.5
Viernes 05 de agosto
0.5
Patrocinadores
0.6
Licencia
1
Keynote: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica
1.1
Diapositivas
2
Control de versiones con GitHub y RStudio
2.1
Diapositivas
2.2
¿Por qué hacer control de versiones de nuestros proyectos?
2.3
Git
2.3.1
Git vs controles de versión a mano
2.4
GitHub
2.5
Manual de sobreviviencia con Git Y GitHub en RStudio (en caso de ser necesario)
2.6
Credenciales HTTPS en
Cache
2.6.1
Actividad
2.7
Conectando RStudio con Git y Github.
2.8
GitHub primero, RStudio después…
2.8.1
Actividad
2.8.2
Comentar, pull y push
2.8.3
Actividad
2.9
RStudio primero y GitHub también
2.9.1
Actividad
2.10
Proyecto existente, GitHub al final
2.10.1
Breviario cultural con los PATs
2.10.2
Actividad
3
Generación de Reportes con R Markdown.
3.1
Introducción a R Markdown
3.1.1
Diapositivas
3.1.2
¿Qué es y para que sirve R Markdown?
3.1.3
Ejemplos de uso
3.1.4
Agregar en un informe la información de una localización
3.1.5
Poner la chicharronera (Fórmula cuadrática en un texto)
3.1.6
Crear un archivo
.Rmd
3.1.7
Ejemplos
3.2
Creación de presentaciones y libros con R Markdown
3.2.1
Diapositivas
3.2.2
El paquete xaringan
3.2.3
Previsualización de las diapositivas
3.2.4
La diapositiva de título
3.2.5
Diapositivas de contenido
3.2.6
Incluyendo imágenes
3.2.7
Alineación del contenido
3.2.8
Compartiendo la presentación
3.2.9
Información adicional
3.2.10
Creación de libros con bookdown
3.2.11
Templado a utilizar
3.2.12
Agregando contenido
3.2.13
Publicando el libro
3.2.14
Configuración del repositorio
3.2.15
Información adicional
4
Keynote: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
4.1
Diapositivas
5
Introducción a Conda.
5.1
¿Qué es conda?
5.2
conda
101
6
El grupo de datos
6.0.1
Datos
7
Mapeo y Binning
7.1
Secuenciación
7.2
Control de calidad
7.3
Ensamble
7.3.1
Discutamos
7.4
Mapeo
7.4.1
Discutamos
7.5
Binning
7.5.1
MaxBin
7.5.2
MetaBat
7.5.3
CONCOCT
7.5.4
Discutamos
7.6
Refinamiento
7.6.1
DASTool
7.6.2
CheckM
7.6.3
Mis Bins
8
Keynote: Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica
9
Taxonomía
9.1
Leamos los datos
10
Inferencia metabólica
10.1
KEEG
10.2
Explorando el metabolismo con rbims.
10.3
Anotación con
InterproScan
10.3.1
Finalmente podemos escribir esto en una tabla.
11
Un vistazo a la creación de paquetes de R/Bioconductor
11.1
Diapositivas
11.2
Recapitulemos
11.3
Buenas prácticas para escribir funciones
11.3.1
Ejercicio
11.3.2
Actividad
11.4
Documentación
11.4.1
Actividad
11.5
Archivos de prueba
11.6
Crear una vignette
11.7
Creado paquetes de forma colaborativa
11.7.1
Actividad
Workshop CDSB 2022: Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor.
1
Keynote: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica
Dr. Brett Baker
01 de agosto de 2022
1.1
Diapositivas