6 El grupo de datos
M.C. Diana Oaxaca y Dra. Mirna Vazquez Rosas Landa
02 de agosto de 2022
6.0.1 Datos
Los datos con los que trabajaremos se enlistan en la siguiente tabla.
| samples | BioProject | Article |
|---|---|---|
| htn | PRJEB13870 | Gut microbiota dysbiosis contributes to … |
| biogas | PRJEB21678 | Genetic repertoires of anaerobic microbiomes …. |
| pulque | PRJNA603591 | Genomic profiling of bacterial and fungal … |
| sedimento | PRJNA364776 | Microbial Dark Matter project phase II * |
| tea | PRJNA698063 | Niche differentiation of microbes……) |
6.0.1.1 htn
Sinopsis: Se realizó secuenciación metagenómica de heces de pacientes sanos (control), con pre-hipertensión (pHTN) y con hipertensión (HTN). Los pacientes con enfermedad presentaron niveles de diversidad drásticamente más bajos en comparación con el grupo control. También hicieron trasplantes fecales de pacientes enfermos a ratones axénicos, el efecto del trasplante demostró que la hipertensión observada en los ratones era derivada de la microbiota trasplantada.
Los datos crudos: PRJEB13870 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB13870?show=reads
El artículo: Gut microbiota dysbiosis contributes to the development of hypertension sobre microbioma e hipertensión https://link.springer.com/article/10.1186/s40168-016-0222-x#Ack1
Li, J., Zhao, F., Wang, Y. et al. Gut microbiota dysbiosis contributes to the development of hypertension. Microbiome 5, 14 (2017). https://doi.org/10.1186/s40168-016-0222-x
6.0.1.2 pulque.
Sinopsis: En este trabajo se secuenciaron librerias de Illumina MiSeq de muestras a diferentes tiempos de fermentación: 0 hrs (aguamiel), 3, 6 y 12 horas. En general observaron que la abundancia de los géneros cambió durante la fermentación y se asoció con una disminución de sacarosa, aumento de etanol y ácido láctico (Medidos por HPLC). Predijeron, entre otros, la biosíntesis de folato y vitamina B. Uno de los MAG obtenidos correspondió a Saccharomyces cereviseae relacionado filogenéticamente con S. cerevisiae aislado de sake y bioetanol y otro correspondió a Zymomonas mobilis que propusieron como un nuevo linaje.
Los datos crudos: PRJNA603591 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA603591
El articulo: Genomic profiling of bacterial and fungal communities and their predictive functionality during pulque fermentation by whole-genome shotgun sequencing https://www.nature.com/articles/s41598-020-71864-4
Chacón-Vargas, K., Torres, J., Giles-Gómez, M. et al. Genomic profiling of bacterial and fungal communities and their predictive functionality during pulque fermentation by whole-genome shotgun sequencing. Sci Rep 10, 15115 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-71864-4
6.0.1.3 sedimento
Microbioma de sedimento del Microbial Dark Matter project (MDMP)
Sinopsis: El MDMP es realizado por el Departamento de Energía del JGI, se enfoca en resolver nuevos superphyla de bacterias y arqueas, en la fase uno se secuenciaron 201 linajes enriquecidos no cultivados, mediante single cell sequencing. En esta segunda fase se utilizaron datos públicos de diferentes muestras y regiones del mundo. Aún se siguen procesando datos y hasta el momento han encontrado prometedores SAGs incluído un phylum novedoso en Deward Creek.
Los datos: PRJNA364776 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA364776
El proyecto: Microbial Dark Matter project phaseII https://www.osti.gov/award-doi-service/biblio/10.46936/10.25585/60000876
Hedlund, Brian ORCID [1] Woyke, Tanja ORCID [2] Pester, Michael ORCID [3] Spear, John ORCID [4] Hallam, Steven ORCID [5] Eisen, Jonathan [6] Elshahed, Mostafa ORCID [7] Becraft, Eric [8] Dunfield, Peter [9] Teske, Andreas [10] van Heerden, et al. Joint Genome Institute Award.
6.0.1.4 tea
Microbioma de Camellia sinensis (la planta del té verde y negro)
Sinopsis: En este trabajo se secuenciaron librerias de Illumina de muestras rizosféricas y endofíticas de C. sinensis, el estudio hace una descripción general de la taxonomía y predicción funcional del microbioma, hace énfasis en las diferencias encontradas en la parte endofítica y rizosféricas.
Los datos: PRJNA698063 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA698063
El artículo: Niche differentiation of microbes and their functional signatures in Assam type tea (Camellia sinensis var. assamica) https://www.researchsquare.com/article/rs-347764/v1
Bora, S. S., Dey, K. K., Borah, M., Rahman, M., Gogoi, M., Modi, M. K., & Barooah, M. (2021). Niche differentiation of microbes and their functional signatures in Assam type tea (Camellia sinensis var. assamica).