3 Generación de Reportes con R Markdown.
M.C Erick Cuevas Fernández y Dra. Joselyn Chávez
01 de agosto de 2022
3.1 Introducción a R Markdown
Este documento se basa en:
3.1.2 ¿Qué es y para que sirve R Markdown?
RMarkdown facilita armar un marco de autoría para ciencia de datos. Facilita la reproducibilidad del código, al permitir generar texto y código en conjunto. Tiene la bondad de soportar multiples formatos para guardar y ejecutar código, asi como para generar informes de alta calidad que se pueden compartir.
Su estructura básica consta de:
YAML, nos permite diseñar la configuración de nuestro archivo markdown. YAML es un lenguaje de serialización de datos. Cuenta con funciones de Perl, C, XML, HTML. Se basa en el formato JSON.
Markdown, aquí escribiremos el texto y el código que vamos a compartir en el reporte, se pueden añadir graficos, tablas, imagenes, etc.
Básicamente esta es la estructura básica de un RMarkdown:
YAML
---
title: "Bienvenido CDSB 2022"
author: "EMB 2022"
date: "2022-08-01"
output: html_document
---Markdown
Parrafo de R Markdown.
Esto es un fragmento de código o "chunk":
```r
fit = lm(dist ~ speed, data = cars)
b = coef(fit)
plot(cars)
abline(fit)
```
<img src="_main_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png" width="672" />
La pendiente de la regresión es -17.5790949.3.1.4 Agregar en un informe la información de una localización
library(leaflet)
leaflet() %>% addTiles() %>% setView(lat = 18.95, lng = -99.239, zoom = 13)3.2 Creación de presentaciones y libros con R Markdown
3.2.2 El paquete xaringan
Instalación:
install.packages("xaringan")Creación de una nueva presentación:
File > New file > R Markdown > From Template > Ninja Presentation
3.2.4 La diapositiva de título
Modificando la diapositiva de título
Otros temas: chocolate, duke, fc, hygge, ki, lucy, metropolis, middlebury, nhsr, robot, uio, useR, uwm, wic.
3.2.6 Incluyendo imágenes
El tamaño de la imagen se puede modificar usando las opciones out.width, out.height, fig.width, fig.height.
Las dimensiones se indican como porcentaje o como número de pixeles.
3.2.7 Alineación del contenido
- Afectando todo el contenido de la diapositiva
class: center
class: middle- Afectando contenido específico
.center[]
.pull-left[]
.pull-right[]3.2.8 Compartiendo la presentación
Como página web
Generar el archivo html usando Knit > Publicar usando GitHub pages
Como pdf
Generar el archivo html usando Knit > Convertir a pdf usando pagedown
pagedown::chrome_print("presentacion.html")Nota: Es necesario mantener el ratio original de las diapositivas.
3.2.10 Creación de libros con bookdown
Instalación:
install.packages("bookdown")Descarga alguno de los ejemplos:
3.2.12 Agregando contenido
- Cada archivo Rmd representa un capítulo
- Los capítulos van ordenados/numerados
- No se deben renderizar los Rmd
- Las imágenes llamadas dentro de los capítulos se colocan en img
- Para incluir las imáges se usa: knitr::include_graphics(“img/imagen.png”)
- Los archivos html llamados dentro de los capítulos se colocan en docs
3.2.13 Publicando el libro
Renderizado > Publicación con GitHub pages
bookdown::render_book()Los html correspondientes a los capítulos se renderizan de manera automática en docs
El libro quedará disponible en https://comunidadbioinfo.github.io/templado_bookdown/
