Taller CDSB 2023: Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única.

TIB2023	RMB	NNB	CCG-UNAM

Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)

Es un placer anunciar que la CDSB, junto con la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y el Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM (NNB-CCG), está organizando el taller Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única como parte del Encuentro Nacional de Bioinformática México 2023.

• Nivel: Intermedio-Avanzado
• Idioma: Español.
• ¿Dónde? Este taller se impartirá en línea a través de Zoom.
• ¿Cuándo? 07 al 11 de agosto de 2023, en horario de 9:00am a 5:00pm hora Ciudad de México.
• Duración: 40 horas.
• Registro
• Twitter: @CDSBMexico
• Facebook: @CDSBMexico
• GitHub: https://github.com/ComunidadBioInfo/cdsb2023
• Página del taller: https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023
• Calendario

¿Qué vas a aprender?

En los últimos años, la generación de datos transcriptómicos de célula única ha cobrado gran relevancia en la investigación biomédica; sin embargo, las herramientas necesarias para su análisis continúan en desarrollo.

En este taller haremos un repaso a las herramientas estadísticas existentes para analizar datos transcriptómicos de célula única usando Bioconductor, cómo documentar tu análisis y revisaremos algunas herramientas para la interpretación de resultados.

A la par, aprenderás cuáles son los pasos cruciales para desarrollar un paquete de R y algunas buenas prácticas para la generación de código. Con la integración de estas herramientas, tendrás la oportunidad de crear tu primer paquete y contribuir a la comunidad de desarrolladores.

¿A quién va dirigido?

Este curso está dirigido a personas que desean aprender a desarrollar paquetes para el análisis de datos transcriptómicos de célula única utilizando herramientas de R/Bioconductor.

¿Qué requisitos debo cumplir para asistir a este taller?

Este taller es de un nivel Avanzado, por lo que necesitarás contar con algunos conocimientos previos:

• Conocimientos básicos de secuenciación de transcriptomas.
• Conocimientos básicos de RStudio:
  • Creación de Rscripts, manejo de la consola de RStudio, manejo del espacio de visualización.
• Conocimientos intermedios de R:
  • Manejo de variables, lectura de archivos, creación y manejo de data frames y listas.
  • Generación de gráficas.
  • Cómo instalar paquetes desde CRAN y Bioconductor.

Requisitos técnicos:

• Computadora Personal. Un mínimo de 8 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen.
• Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.
• Tener instalado R y RStudio en su última versión.

Instructores

Instructores:

• Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes: Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
• Dra. Laura Gómez Romero: Investigadora en el Instituto Nacional de Medicina Genómica.
• Dra. Yalbi Balderas Martínez: Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
• Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete: Estancia Postdoctoral en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica - UNAM.
• M.C. José Antonio Ovando Ricárdez: Estudiante de Doctorado en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
• M.C. Erick Cuevas Fernández: Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
• Dra. Alejandra Medina Rivera: Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
• Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa: Investigadora en el Instituto de Ciencias de Mar y Limnología de la UNAM.
• Andrés Arredondo Cruz: Estudiante Licenciatura en el Instituto de Ciencias del Mar y Limnología.
• Dr. Leonardo Collado Torres: Investigador en Lieber Institute for Brain Development.

Ayudantes

• Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete
• Andrés Arredondo Cruz
• M.C. Diego Ramírez
• M.C. Luis Alberto Meza

Programa

Día 1: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte I

• Presentación de la CDSB.
• Estructura e importe de datos.
• Control de calidad.
• Normalización.

Día 2: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte II

• Selección de genes altamente variables.
• Reducción de dimensiones.
• Clustering.
• Genes marcadores.
• Anotación de tipos celulares.

Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I

• Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto.
• Control de versiones con GitHub y RStudio.
• Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio.
• Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor.
• Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
• Documentación de funciones.
• Sesión social: Conociendo a la comunidad.

Día 4: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II

• Diseño de pruebas.
• Creación de viñetas.
• Compilación e instalación de paquetes.
• Proyectos colaborativos Parte I.

Día 5: Proyectos colaborativos

• Proyectos colaborativos Parte II.
• Presentación de proyectos.
• Clausura.

¡Les esperamos!

Organizadores

Con el apoyo de: