Workshop CDSB 2023: Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única.
Bienvenida
Les damos la bienvenida al Workshop Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única!
En los últimos años, la generación de datos transcriptómicos de célula única ha cobrado gran relevancia en la investigación biomédica; sin embargo, las herramientas necesarias para su análisis continúan en desarrollo.
En este taller haremos un repaso a las herramientas estadísticas existentes para analizar datos transcriptómicos de célula única usando Bioconductor, cómo documentar tu análisis y revisaremos algunas herramientas para la interpretación de resultados.
A la par, aprenderás cuáles son los pasos cruciales para desarrollar un paquete de R y algunas buenas prácticas para la generación de código. Con la integración de estas herramientas, tendrás la oportunidad de crear tu primer paquete y contribuir a la comunidad de desarrolladores.
0.1 Instructores
- Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes: Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
- Dra. Yalbi Balderas Martínez: Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
- Dra. Laura Lucila Gómez Romero
- M.C. Erick Cuevas Fernández: Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
- Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa: Investigadora en el Instituto de Ciencias de Mar y Limnología de la UNAM.
- Dra. Alejandra Medina Rivera: Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
- Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete
- M.C. José Antonio Ovando Ricárdez
- Andrés Arredondo Cruz
- Dr. Leonardo Collado-Torres: Investigador en Lieber Institute for Brain Development.
0.3 Temario
Consulta el calendario de este curso en: https://bit.ly/calendarcdsb2023
- Día 1: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte I
- Presentación de la CDSB.
- Estructura e importe de datos.
- Control de calidad.
- Normalización.
- Día 2: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte II
- Selección de genes altamente variables.
- Reducción de dimensiones.
- Clustering.
- Genes marcadores.
- Anotación de tipos celulares.
- Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I
- Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto.
- Control de versiones con GitHub y RStudio.
- Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio.
- Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor.
- Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
- Documentación de funciones.
- Sesión social: Conociendo a la comunidad.
- Día 4: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II
- Diseño de pruebas.
- Creación de viñetas.
- Compilación e instalación de paquetes.
- Proyectos colaborativos Parte I.
- Día 5: Proyectos colaborativos
- Proyectos colaborativos Parte II.
- Presentación de proyectos.
- Clausura.
0.5 Licencia
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