Bienvenida
0.1
Instructores
0.2
Ayudantes
0.3
Temario
0.4
Patrocinadores
0.5
Licencia
1
Keynote
1.1
Diapositivas
2
Control de versiones con GitHub y RStudio
2.1
Diapositivas
2.2
¿Por qué hacer control de versiones de nuestros proyectos?
2.3
Git
2.3.1
Git vs controles de versión a mano
2.4
Recomendaciones para sus proyectos
2.5
Proyectos colaborativos
2.6
GitHub
2.7
Manual de sobreviviencia con Git Y GitHub en RStudio (en caso de ser necesario)
2.8
Cómo clonar un repositorio y tener conección/permisos para modificarlo?
2.9
Credenciales HTTPS en
Cache
2.9.1
Actividad
2.10
Conectando RStudio con Git y Github.
2.11
GitHub primero, RStudio después…
2.11.1
Actividad
2.11.2
Comentar, pull y push
2.12
Rmarkdown en GitHub
2.12.1
Actividad
2.13
RStudio primero y GitHub también
2.14
Proyecto existente, GitHub al final
2.14.1
Breviario cultural con los PATs
2.15
Git basics: commands
2.16
Merge conflics
2.17
Merge conflics
2.18
En resumen
3
Creando la infraestructura de un paquete
3.1
Diapositivas
3.2
Los primeros pasos
3.3
Checks
3.3.1
BiocCheck
3.3.2
rcmdcheck
3.4
Modificando el archivo DESCRIPTION
3.5
Modificando el archivo NEWS
4
Creando mis primeras funciones
4.1
Diapositivas
4.2
Nombre de la función
4.3
Estructura de la función
4.4
¡Tu turno!
4.5
Argumentos
4.6
¡Tu turno!
4.7
Indentación
4.8
Uso de espacios
4.9
Comentarios
4.10
Mensajes para el usuario
5
Documentación de funciones
5.1
Diapositivas
5.2
Links importantes:
5.3
¿Qué es la documentación de una función y por qué es importante?
5.4
Generacion de la documentacion con ayuda del paquete roxygen
5.5
Antes de empezar…✏️
5.6
Generacion de un bloque de documentacion con ayuda del paquete roxygen.
5.7
Otros campos de la documentacion.
6
Diseño de pruebas
6.1
Diapositivas
7
Creación de viñetas
7.1
¿Qué es una viñeta/vignette? 📝✨
7.2
Características de una vignette 🌟
7.3
¿Cómo consultar la viñeta de un paquete? ❓🔍
7.4
¿Cómo crear una viñeta? ❓🔍
7.5
¿Cómo guardar y actualizar la viñeta? 🔄💻
7.6
Veamos un ejemplo 🔍👨💻
7.7
Actividad
7.7.1
Ejercicio 1: Identificación de viñetas en paquetes de interés en Bioconductor 📚🔍
7.7.2
Ejercicio 2: Creación de viñetas en R 🛠️📄
7.7.3
Preguntas de Reflexión 🤔💭
8
Introducción a Conda.
8.1
¿Qué es conda?
8.2
conda
101
9
El grupo de datos
9.0.1
Datos
10
Mapeo y Binning
10.1
Secuenciación
10.2
Control de calidad
10.3
Ensamble
10.3.1
Discutamos
10.4
Mapeo
10.4.1
Discutamos
10.5
Binning
10.5.1
MaxBin
10.5.2
MetaBat
10.5.3
CONCOCT
10.5.4
Discutamos
10.6
Refinamiento
10.6.1
DASTool
10.6.2
CheckM
10.6.3
Mis Bins
11
Asignación taxonómica
11.1
Leamos los datos
12
Inferencia metabólica
12.1
KEEG
12.2
Explorando el metabolismo con rbims.
12.3
Anotación con InterproScan
12.3.1
Finalmente podemos escribir esto en una tabla.
13
Proyectos colaborativos
13.1
Propuesta 1
13.2
Propuesta 2
13.3
Propuesta 3
13.4
Propuesta 4
13.5
Propuesta 5
Creación de paquetes de R/Bioconductor para el análisis de metagenomas.
13
Proyectos colaborativos
13.1
Propuesta 1
13.2
Propuesta 2
13.3
Propuesta 3
13.4
Propuesta 4
13.5
Propuesta 5