8 Introducción a Conda.

@zorbax

05 de agosto de 2025

8.1 ¿Qué es conda?

De acuerdo a la definición oficial:

conda: A package manager helps you find and install packages.

Entonces, es un gestor/instalador de paquetes. Se obtiene mediante Anaconda o Miniconda.

La instalación dependerá del sistema operativo a utilizar. Aunque conda está disponible para Windows, macOS y Linux, no todos los paquetes disponibles para bioinformática son compatibles entre los tres sistemas, siendo la prioridad de paquetes Linux > macOS y en algunos casos, al final, Windows.

8.2 conda 101

conda info

Actualizar conda

conda update conda

Listar todos los entornos de conda

conda env list

Actualizar todos los paquetes de conda (base)

conda update conda --all

Agregar canales

conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda

Buscar un paquete

conda search PACKAGE

Instalar un paquete en el entorno base

conda install PACKAGE

Eliminar archivos temporales

conda clean --all -y

Actualizar todos los paquetes del entorno actual

conda update --all -y

Eliminar entorno

conda remove -n qiime2 --all

Crear un entorno con versiones específicas

conda create -y -n test3.6 python=3.6 pandas=1.0

Crear entorno a partir de un archivo YAML

conda env create -f environment.yml

conda con vitaminas: mamba

conda install -yc conda-forge mamba

mamba create -y -n testpy3.6 python=3.6 pandas=1.0

mamba create -y -n testR3.6 r-base=3.6