Bienvenida
0.1
Instructores
0.2
Ayudantes
0.3
Temario
0.4
Patrocinadores
0.5
Licencia
1
Trabajando con proyectos de RStudio
1.1
Diapositivas
1.2
¿Qué es un proyecto de RStudio?
1.3
¿Cómo generamos un proyecto de RStudio?
1.3.1
Opción 1: Creando un proyecto en un directorio nuevo.
1.3.2
Opción 2: Creando un proyecto en un directorio existente.
1.4
¿Por qué usar proyectos de RStudio?
1.5
Algunos hacks!
1.6
Generando rutas seguras
1.6.1
El paquete here
1.6.2
Usando el paquete fs
1.6.3
Usando funciones base
2
Control de versiones con GitHub y RStudio
2.1
Diapositivas
2.2
¿Por qué hacer control de versiones de nuestros proyectos?
2.3
Git
2.3.1
Git vs controles de versión a mano
2.4
Recomendaciones para sus proyectos
2.5
Proyectos colaborativos
2.6
GitHub
2.7
Manual de sobreviviencia con Git Y GitHub en RStudio (en caso de ser necesario)
2.8
Cómo clonar un repositorio y tener conección/permisos para modificarlo?
2.9
Credenciales HTTPS en
Cache
2.9.1
Actividad
2.10
Conectando RStudio con Git y Github.
2.11
GitHub primero, RStudio después…
2.11.1
Actividad
2.11.2
Comentar, pull y push
2.12
Rmarkdown en GitHub
2.12.1
Actividad
2.13
RStudio primero y GitHub también
2.14
Proyecto existente, GitHub al final
2.14.1
Breviario cultural con los PATs
2.15
Git basics: commands
2.16
Merge conflics
2.17
Merge conflics
2.18
En resumen
3
Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio
3.1
Diapositivas
4
Creando la infraestructura de un paquete
4.1
Diapositivas
4.2
Los primeros pasos
4.3
Checks
4.3.1
BiocCheck
4.3.2
rcmdcheck
4.4
Modificando el archivo DESCRIPTION
4.5
Modificando el archivo NEWS
5
Creando mis primeras funciones
5.1
Diapositivas
5.2
Nombre de la función
5.3
Estructura de la función
5.4
¡Tu turno!
5.5
Argumentos
5.6
¡Tu turno!
5.7
Indentación
5.8
Uso de espacios
5.9
Comentarios
5.10
Mensajes para el usuario
6
Documentación de funciones
6.1
Diapositivas
6.2
Links importantes:
6.3
¿Qué es la documentación de una función y por qué es importante?
6.4
Generacion de la documentacion con ayuda del paquete roxygen
6.5
Antes de empezar…✏️
6.6
Generacion de un bloque de documentacion con ayuda del paquete roxygen.
6.7
Otros campos de la documentacion.
7
Diseño de pruebas
7.1
Diapositivas
8
Creación de viñetas
8.1
¿Qué es una viñeta/vignette? 📝✨
8.2
Características de una vignette 🌟
8.3
¿Cómo consultar la viñeta de un paquete? ❓🔍
8.4
¿Cómo crear una viñeta? ❓🔍
8.5
¿Cómo guardar y actualizar la viñeta? 🔄💻
8.6
Veamos un ejemplo 🔍👨💻
8.7
Actividad
8.7.1
Ejercicio 1: Identificación de viñetas en paquetes de interés en Bioconductor 📚🔍
8.7.2
Ejercicio 2: Creación de viñetas en R 🛠️📄
8.7.3
Preguntas de Reflexión 🤔💭
9
Compilación e instalación de paquetes
9.1
Diapositivas
9.2
Metadatos de una paquetería
9.2.1
Description
9.2.2
Dependencias
9.2.3
¿Cómo añadir dependencias?
9.3
Licencias
9.4
Paqueterías de código fuente
9.5
¿En dónde podemos encontrar el código fuente de un paquete?
9.6
Instalando la última versión en desarrollo
9.7
Instalando paquetes desde GitHub
9.8
Instalando un paquete local
9.9
Contribuyendo código
9.10
Agregando datos de ejemplo en el paquete
10
Creación de sitios web con pkgdown
10.1
Diapositivas
10.2
Instalación
10.3
Configura el paquete para crear el sitio con pkgdown
10.4
Genera la estructura de pkgdown
10.5
Pre-visualiza el sitio de manera local
10.6
Personalizando el _pkgdown.yml
10.6.1
Metadatos
10.6.2
Temas
10.7
Las variables bslib
10.7.1
Syntax highlighting
10.7.2
Navbar style
10.8
Layout
10.8.1
Navbar
10.8.2
Footer
10.9
Accessibilidad
10.9.1
Colores
10.9.2
Imágenes
10.10
La página de inicio
10.11
La página de referencias
10.12
Articles
10.13
News
10.14
Publicando el sitio web
11
Proyectos colaborativos
11.1
Propuesta 1
11.2
Propuesta 2
11.3
Propuesta 3
11.4
Propuesta 4
11.5
Propuesta 5
Desarrollo de paqueterías de R/Bioconductor.
7
Diseño de pruebas
Mirna Vázquez Rosas-Landa
30 de octubre de 2024
7.1
Diapositivas