cdsb2020
Taller CDSB 2020: Construyendo flujos de trabajo con RStudio y Bioconductor para datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq)
Welcome to the CDSB2020! The workshop is described in detail in English at comunidadbioinfo.github.io. Note that this workshop will be taught only in Spanish. This workshop will be taught live on the central Mexico time zone. Check your local time by adding your city to World Clock.
¡Bienvenid@s a CDSB2020! Este taller está descrito en detalle en español vía comunidadbioinfo.github.io. Este taller será impartido solo en español. El taller será impartido bajo el horario central de Mexico. Agrega tu ciudad vía World Clock para checar el uso horario en tu ciudad.
Programa
Ojo: la versión más actualizada del programa estará disponible solo vía el calendario de Google privado de la CDSB vía el cual los participantes registrados obtendrán las ligas de Zoom para el taller.
Día 1
- Inauguración EMB2020
- Bienvenida a la CDSB
- Introducciones de los participantes
- Flujo de trabajo orientado a proyectos:
- Introducción al flujo de trabajo orientado a proyectos.
- Trabajando con proyectos versus scripts.
- Generación de un proyecto.
- Paths seguros.
- ¿Qué nombre le doy a mi archivo?
Día 2
- Uso de Git y GitHub.
- Modificando los archivos de inicio de R.
- Escritura y documentación de funciones.
- Debugging.
Día 3
- Buenas prácticas de configuración y mantenimiento de espacios de trabajo.
- Foto / video remoto.
- Instalación de paqueterías desde código fuente.
- Visión general del procesamiento de datos de scRNA-seq
- Actividades para construir la comunidad
- Presentación del material para scRNA-seq
Día 4
- Introducción a scRNA-seq con Bioconductor
- Estructura e importe de datos
- Control de calidad
- Normalización de datos
Día 5
- Selección de genes
- Reducción de dimensiones
- Clustering e identificación de genes marcadores
- Evaluación del taller
- spatialLIBD: análisis de datos de la plataforma Visium de 10x Genomics
- Clausura y recordatorio de la CDSB
Bienvenida a la CDSB y revisión del código de conducta
Horario
Instructores
- Alejandra Medina-Rivera
- Alejandro Reyes
- Joselyn Chávez
- Leonardo Collado-Torres
- Marcel Ramos Perez
- Maria Teresa Ortiz
Ayudantes
Código de conducta
Les recordamos que este taller y la CDSB tiene un código de conducta: disponible en inglés y en español.
En
lcolladotor.github.io/twitter-stats/CDSB2020
pueden ver el análisis automático de los mensajes en Twitter que usen la
etiqueta de #CDSB2020.
Pre-requisitos
- Instalar la última versión de R desde CRAN
- Instalar la última versión de RStudio
- Instalar los paquetes necesarios ejecutando este código:
if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
install.packages("remotes")
}
remotes::install_cran(
c("tidyverse", "devtools", "here", "fs", "cowsay")
)
## Opcional: praiseMX para usarlo en un ejercicio en vez de cowsay
## https://github.com/ComunidadBioInfo/praiseMX
remotes::install_github("comunidadbioinfo/praiseMX")
Para funciones y como documentarlas con Alejandro Reyes
## Para instalar paquetes de Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("BiocStyle")
remotes::install_cran(
c("devtools", "roxygen2")
)
Para la segunda mitad del curso, necesitan instalar los siguientes paquetes de R (usando la versión más reciente de R).
## Para instalar paquetes de Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
## Instala los paquetes de R que necesitamos
BiocManager::install(
c(
'SingleCellExperiment',
'usethis',
'here',
'scran',
'scater',
'scRNAseq',
'org.Mm.eg.db',
'AnnotationHub',
'ExperimentHub',
'BiocFileCache',
'DropletUtils',
'EnsDb.Hsapiens.v86',
'TENxPBMCData',
'BiocSingular',
'batchelor',
'uwot',
'Rtsne',
'pheatmap',
'fossil',
'ggplot2',
'cowplot',
'RColorBrewer',
'plotly',
'iSEE',
'pryr',
'spatialLIBD',
'sessioninfo',
'scPipe'
)
)
Favor de correr todo el código del siguiente script de
R para descargar todos
los datos que usaremos para esta porción del curso. Se almacenaran
automáticamente en tu computadora gracias a
BiocFileCache de
tal forma que los podrás usar fácilmente en el futuro.
Materiales
Descarga los materiales con
usethis::use_course('comunidadbioinfo/cdsb2020') o revisalos en línea
vía
comunidadbioinfo.github.io/cdsb2020.
Zoom
Las ligas de Zoom están disponibles exclusivamente para lxs participantes de CDSB2020 vía un calendario de Google. Te enviamos una invitación al correo electrónico que usaste para registrate. Tienes que aceptar la invitación. Cualquier duda, contáctanos vía Slack. ¡Gracias!
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