Bienvenida

Les damos la bienvenida al Workshop Creación de paquetes de R/Bioconductor para el análisis de metagenomas!

En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor.

Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre y revisaremos diferentes estrategias de binning y predicción metabólica. Adicionalmente, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica y aprenderás los pasos para crear tus propios paquetes para generar herramientas que resuelvan estas problemáticas actuales.

0.1 Instructores

Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa: Investigadora en el Instituto de Ciencias de Mar y Limnología de la UNAM.
Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes: Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
Dra. Yalbi I. Balderas-Martínez: Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
M.C. Erick Cuevas Fernández: Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
M.C. José Antonio Ovando Ricárdez: Estudiante de Doctorado en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.

0.2 Ayudantes

0.3 Temario

Consulta el calendario de este curso en: https://bit.ly/calendarcdsb2025

Día 1: Estructura general de un paquete
- Presentación a la CDSB.
- Plática: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica.
- Control de versiones con GitHub y RStudio.
- Creando la infraestructura de un paquete.
Día 2: Documentación de un paquete
- Creando mis primeras funciones.
- Documentación de funciones.
- Diseño de pruebas.
- Creación de viñetas.
- Introducción a Conda
Día 3: Reconstrucción de genomas
- El grupo de datos.
- Mapeo y Binning.
- Asignación taxonómica.
Día 4: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética
- Análisis de vías metabólicas.
- MEBs (Multigenomic Entropy Based Score pipeline )
- Proyectos colaborativos de metagenomas.
Día 5:
- Proyectos colaborativos de metagenomas.
- Presentación de proyecto.
- Clausura.