Instalación de paquetes desde código fuente

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# Instalación de paquetes desde código fuente
### Joselyn Chávez 11 de agosto de 2021

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## Este material posee una licencia tipo Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. 
## Para conocer más sobre esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/

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## Material disponible en: 
### https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_workflows

## Basado en el RStudioConf2020 workshop What They Forgot, disponible en: 
### https://rstd.io/wtf-2020-rsc

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# ¿A qué nos referimos con paqueterías de código fuente?

En algunas ocasiones necesitaremos instalar paquetes que no se encuentran compilados, por ejemplo:

- Paquetes en desarrollo de CRAN o Bioconductor.
- Versiones anteriores de paquetes de CRAN o Bioconductor.
- Paquetes que no se encuentran depositados en CRAN o Bioconductor, sino en repositorios personales como GitHub.
- Paquetes que estás desarrollando de forma local.

El paquete **remotes** será de gran utilidad.

???

De forma usual, los paquetes que instalamos desde algún repositorio como CRAN o Bioconductor son paquetes binarios que ya se encuentran compilados previamente.

Existen algunas funciones que nos permiten instalar paquetes desde código fuente. Anteriormente, se solían utilizar las funciones install_* del paquete devtools; sin embargo, recientemente se creó el paquete **remotes** que contiene las mismas funciones pero está específicamente diseñado para ayudarnos a trabajar con paquetes desde código fuente.

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# ¿En dónde podemos encontrar el código fuente de un paquete?

Si el paquete se encuentra disponible en CRAN, puedes encontrar el link al código fuente en la sección URL.

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# ¿En dónde podemos encontrar el código fuente de un paquete?

Si el paquete se encuentra disponible en Bioconductor, puedes encontrar el link al código fuente en la sección Package Archives

Si el paquete se encuentra en GitHub o GitLab, necesitarás conocer el nombre de usuario y el nombre del paquete.

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# Instalando la última versión en desarrollo
 
- Si el paquete se encuentra depositado en CRAN podemos usar la función

```r
remotes::install_dev("pkgname")
```

Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de dplyr usaremos el comando

```r
remotes::install_dev("dplyr") 
```

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# Instalando la última versión en desarrollo
 
- Si el paquete se encuentra en Bioconductor usaremos la siguiente función:

```r
remotes::install_bioc("pkgname")
```

Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de regutools, el paquete desarrollado por miembros de la CDSB, usaremos el comando

```r
remotes::install_bioc("regutools")
```

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 1 10 min

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# Instalando paquetes desde GitHub

Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio.

```r
remotes::install_github("usuario/repositorio")
```

Por ejemplo, para instalar el paquete starwarssay desarrollado por Erick Cuevas (Erickcufe) utilizaremos el siguiente comando:

```r
remotes::install_github("Erickcufe/starwarssay")
```

???

Independientemente de si el paquete se encuentra en CRAN, Bioconductor, o ninguno de ellos, podemos instalar un paquete depositado en una cuenta de GitHub.

Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio donde se encuentra depositado el paquete. Con esta información usaremos la siguiente función:

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 2 5 min

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# Instalando versiones anteriores
 
- Si el paquete se encuentra depositado en CRAN usaremos la función

```r
remotes::install_version("pkgname",version = "version")
```

Por ejemplo, para instalar la versión 1.0.0 de dplyr usaremos el comando

```r
remotes::install_version("dplyr",version = "1.0.0")
```

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# Instalando versiones anteriores
 
- Si el paquete se encuentra en Bioconductoor usaremos el paquete BiocManager

```r
BiocManager::install(pkgs = "pkgname", version = "version")
```

Por ejemplo, para instalar la versión 1.1.1 de regutools usaremos el comando

```r
BiocManager::install(pkgs = "regutools", version = "1.1.1")
```

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# Instalando un paquete local
 
Ya sea que hagas un fork/clone de un paquete o si tienes un paquete en desarrollo, esta función te ayudará a instalar el paquete de manera local.

```r
remotes::install_local()
```

Genera un directorio temporal para instalar un paquete de prueba

```r
dir <- tempfile()
dir.create(dir)
```

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# Instalando un paquete local
 
Usaremos esta función para descargar el código fuente del paquete **testthat**.

```r
pkg <- download.packages("testthat", dir, type = "source")
```

Al guardar los datos de la descarga en una variable, almacena la ubicación temporal.

```r
remotes::install_local(pkg[, 2])
```

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 3 10 min

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# Contribuyendo código

Una ventaja de descargar el paquete de forma local es que puedes realizar cambios, probar que funciona de manera local y después contribuir (haciendo un pull-request).

¿Recuerdas el paquete **saludo**?

- Clona el repositorio en tu computadora.
```
git clone https://github.com/ComunidadBioInfo/saludo.git
```

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# Contribuyendo código

- Instala el paquete desde su ubicación local

```r
remotes::install_local("rutalocal")
```

Por ejemplo, si lo clonaste en Descargas el comando se verá similar a

```r
remotes::install_local("~/Downloads/saludo/")
```

Ahora puedes abrir el proyecto del paquete y agregar tu código.

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 4 15 min