Flujos de trabajo con proyectos de RStudio

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# Flujos de trabajo con proyectos de RStudio
### Joselyn Chávez 9 de agosto de 2021

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## Este material posee una licencia tipo Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. 
## Para conocer más sobre esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/

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## Material disponible en: 
### https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_workflows

## Basado en el RStudioConf2020 workshop What They Forgot, disponible en: 
### https://rstd.io/wtf-2020-rsc

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# ¿Qué es un proyecto de RStudio?

- Es un archivo especial de R, compatible con RStudio, que al ejecutarlo hará 3 cosas:

- Abrirá una nueva sesión de RStudio.
  
  - Establecerá la ubicación del proyecto como tu directorio de trabajo.
  
  - Establecerá la ubicación del proyecto como la raíz de los archivos.

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# ¿Cómo generamos un proyecto de RStudio?

## Opción 1:

- Creando un proyecto en un directorio nuevo:

- En las opciones de RStudio Ve a File > New project > New Directory > New Project.
  - Asigna un nombre a tu proyecto, sin espacios y sin caracteres especiales.
  - Selecciona la ubicación donde crearás el nuevo directorio.
  - Selecciona la opción Open in New Session.
  - Oprime Create Project.

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 1 (5 min)

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# ¿Cómo generamos un proyecto de RStudio?

## Opción 2:

- Creando un proyecto en un directorio existente:
  
  - Crea un directorio en alguna ubicación conocida de tu computadora.
  - Asigna un nombre a tu directorio, sin espacios y sin caracteres especiales (Este será el nombre de tu proyecto).
  - En las opciones de RStudio ve a File > New project > Existing Directory.
  - Selecciona la ubicación donde previamente creaste el directorio.
  - Selecciona la opción Open in New Session.
  - Oprime Create Project.

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 2 (5 min)

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Te permiten ser más organizado

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#img/salad.png" width="90%" />
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/filesorder.png" width="100%" />
]

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

.pull-left[ 
## Compartamentalizas tu trabajo.

## Genera un proyecto por análisis.
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/multiproyectos.png" width="90%" />
]
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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Puedes trabajar con varios proyectos a la vez.

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Establece automáticamente tu directorio de trabajo.

.pull-left[
### Sin proyecto de RStudio

```r
setwd("Documentos/miproyecto")
```
]

.pull-right[
### Con proyecto de RStudio

- Ve a File > Open Project o a  
File > Open Project in New Session.
- Ejecuta ~/Documentos/miproyecto.Rproj.

- Si estás en tu terminal puedes usar:  
open ~/Documentos/miproyecto.Rproj
]

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Puedes usar rutas relativas a los archivos.

.pull-left[
### Sin proyecto de RStudio

```r
read.csv("~/Documents/materiales_cdsb2021/mitabla.csv")
```

```
##   x y
## 1 a 1
## 2 b 2
## 3 c 3
```
]

.pull-right[
### Con proyecto de RStudio

```r
read.csv("mitabla.csv")
```

```
##   x y
## 1 a 1
## 2 b 2
## 3 c 3
```
]

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Facilita el compartir y reproducir tu trabajo

### Sin proyecto de RStudio

Esta ruta funcionará solamente en mi computadora.

```r
read.csv("~/Documents/materiales_cdsb2021/mitabla.csv")
```

### Con proyecto de RStudio

Esta ruta funcionará en cualquier computadora que tenga el directorio completo del proyecto.

```r
read.csv("mitabla.csv")
```

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# ¿Por qué usar proyectos de RStudio?

## Nos ayuda a establecer colaboraciones y trabajar con plataformas de control de versiones.

.pull-left[ 
<img src="data:image/png;base64,#img/GitHubLogo.png" width="100%" />
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/gitlablogo.jpg" width="80%" />
]

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# Es tu turno! Realiza la Actividad 3 (10 min)

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# Algunos hacks!

.pull-left[
### RStudio recuerda los proyectos con los que has trabajado recientemente.

Ve a la esquina superior derecha y da click en la flecha junto al nombre de tu proyecto actual.

Verás todos los proyectos recientes.

Sólo da click en alguno de ellos y abrirá tu proyecto en la misma sesión, o da click en el cuadro con flecha blanca y te abrirá una nueva sesión con tu proyecto.
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/listprojects.png" width="95%" />
]

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# Algunos hacks!

Crea todos tus proyectos dentro de una carpeta principal y usa el buscador de archivos para acceder a ellos rápidamente.

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#img/misproyectos.png" width="70%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/resultadomisproyectos.png" width="100%" />
]