• Este documento se basa en “Happy Git with R” https://happygitwithr.com

• Los proyectos suelen cambiar y crecer.
• Es difícil saber cuáles fueron todos los cambios a lo largo del tiempo (en espacial tiempos largos, hazlo por tu yo del futuro!).
• Las colaboraciones se pueden complicar sin un buen control de versiones.

• Git es un sistema de control de versiones.
• Git funciona con GitHub, Bitbucket o GitLab
• Por qué usar Git en vez de solo renombrar los archivos? Por que es mejor tener una filogenia del archivo
  

  Excuse me, do you have a moment to talk about version control?, Jennifer Bryan, 2017

• Necesitamos Git en la computadora
• Necesitamos que Git le hable a GitHub (o el repositorio que quieran usar).
• Luego necesitamos que R hable con este repositorio.

• Dedicar un directorio
• Es mejor organizarlo en un RStudio Project
• Hacer un repositorio de Git
• Trabajen como siempre, solo además de guardar, recuerden hacer commit
• De vez en vez hagan push de sus cambios cuando los hayan verificado.

• GitHub se parece más a un GoogleDoc que a un Word Document.
• Es fácil que los colaboradores hagan cambios y también es fácil saber quién hizo que.
• El owner del proyecto puede dar permisos a los diferentes colaboradores.
• También existen organizaciones, esto puede ser útil para manejar los permisos de grupos grandes de colaboración.

• Issues: Issue reports, es fácil saber de dónde vino un reporte y si se arregló.
• Pull requests: Los usuarios pueden solicitar contribuir y hacer cambios.

• La comunidad de R es muy activa en GitHub.
• Hay muchos paquetes ahí.
• Al ser parte de GitHub será más fácil que su código se utilice por la comunidad.
• GitHub y RStudio se conectan muy bien.

• Ya tenemos R y RStudio.
• Necesitamos una cuenta en GitHub, registren una si no tienen.
• Ahora vamos a:
  • Instalar Git
  • Familiarizarnos con Gi
  • Conectarnos a GitHub

• Primero, revisen, puede ser que ya lo tienen instalados

which git
git --version

• Si no lo tienen instalado:
• MAC: Usen Xcode.
• Linux: Usen apt-get o yum para instalar git

• Hagan login y creen un repositorio nuevo
• Denle nombre: en mi caso use CDSB2020_minirepo
• Añadan una descripción: My mini repo
• Inicialicen el repositorio con un README
• Para lo demás usen los defaults
• Den Click en “Create repository”

• Ya tenemos el repositorio en GitHub
• Para de verdad poderlo usar, lo tenemos que traer a nuestras computadoras, Clonenlo!
• Copien la liga en “Clone or download”

git clone https://mylink.com/you/your_repo

• Vamos a usar el repositorio como nuestro lugar de trabajo:

cd myrepo
ls
head README.md
git remote show origin

• Estamos en la master branch (rama maestra)

• Probemos haciendo un cambio en el README

echo "Something I want to add to the README in my local computer" >> README.md
git status

• Qué pasó?

• Ahora tenemos que decirle a git que queremos seguir los cambios de ese archivo

• Vamos a commit (hacer, encomendar) los cambios y luego a subir (push) los mismos a GitHub

git add README.md
git commit -m "A commit from my local computer"
git push

• Add es algo que se hace la primera vez que se usa un archivos. Con la opción -A se agregan todos los archivos. Piensen bien antes de hacer eso!!! a veces no queremos todos los archivos en un folder (tal vez no quieren agregar sus mil tests).
• Usen mensajes INFORMATIVOS en los commits, pude ser información muy útil en el futuro.
• Ahora verifica si los cambios se subieron a GitHub

• Algunas instalaciones de Git son muy listas y guardan el username y password, así que no lo tenemos que poner en cada push.
• Si por algo no está funcionando

Pueden seguir estos tutoriales para arreglarlo https://happygitwithr.com/credential-caching.html https://happygitwithr.com/ssh-keys.html

• Hasta ahora todo lo de Git ha sido en línea de comando
• Pero RStudio nos puede ayudar con esto
• Para lograrlo, primero necesitamos que RStudio se conecte con Git

1. Crea un proyecto en RStudio desde un repositorio de Git. File > New Project > Version Control > Git
2. En dónde vas a guardar ese repositorio?
3. Lo logramos! Git va a aparecer en la esquina superior derecha
4. Hagamos un cambio en el README

Desde RStudio:

• Da click en el “Git” tab el panel superior derecho.
• Haz click en “Staged” para README.md.
• Da click en “Commit”.
• Escribe un mensaje útil en “Commit message”.
• Click “Commit”.
• Click “push”

• Proyecto nuevo, GitHub primero
• Proyecto existente, GitHub primero
• Proyecto existente, GitHub al final

• Eso acabamos de hacer :D

• Imaginemos que tenemos un proyecto de R en nuestra computadoras
• Lo bueno es que si tenemos, y varios. Tomen su favorito como ejemplo
• Vayan a GitHub y creen un repositorio para guardar ese proyecto.
• Clonen el repositorio usando RStudio (igual que antes, new project, from git…)

• Ahora muevan sus archivos a este proyecto, un simple mv de consola funciona
• Hagan Stage a los archivos que si quieran en el repositorio (Quieren todos, quieren algunos?)
• commit
• push
• done

• Tenemos un folder en algún lado con nuestro Rproject File > New Project > Existing Directory

• Ahora lo vamos a volver un repositorio de Git En RStudio, Tools > Project Options … > Git/SVN. En “Version control system”, seleccionen “Git”. Confirmen New Git Repository? Yes!
• Stage y commit

• Vayan a GitHub y creen un nuevo proyecto con un nombre informativo, de preferencia el mismo que ya usaron en su proyecto. (Esta vez no inicializar con README!!)

• En RStudio:
  • Click en los cuadritos morados con un rombo blanco en el panel de control del Git panel.
  • Se va a abrir el planel “New branch”.
  • Directamente dar Click en “Add remote”.
  • Pegar URL aquí (mover cursor para habilitar “Add”) y elegir un nombre (remote name), probablemente origin.
  • Click “Add”.
  • Debemos haber vuelto al dialogo de “New Branch”, si no hay que volver usando los cuadritos morados y el rombo.
  • Escribir master como nombre de la rama (branch name) en esta ventana y seleccionen “Sync branch with remote”.
  • Click “Create” (si, aun que exista ya). En el siguiente dialogo seleccionen overwrite.
  • Listo!

• Creemos un Rmakrdown y subámoslo a GitHub
• Ahora hay que agregarlo al repositorio (add), stage and commit.
• Subieron el hmlt? Qué tal se ve?
• No se ve como queremos, verdad? Para eso necesitamos recuperar el .md. El .md es un resultado intermedio de crear el html desde Rmd.
• Tenemos que cambiar el header para esto

---
title: "RmarkwondTest"
output: 
  html_document:
    keep_md: true
---

• Qué pasó?
• Qué hacemos ahora?
• Ahora ya tienes todo para subir tus cosas a GitHub y documentarlas bonito!

• Un repository o repo es un grupo de archivos manejado por Git
  

  https://happygitwithr.com/git-basics.html

• Clone

git clone https://repor.com

• Agregar un archivo al repo (solo una vez) y hacer commit

git add newfile.R
git commit -m "mensaje informativo" newfile.R

• Qué pasó?

git status
git log
git log --oneline

• Comparar versiones

git diff
git diff myfile.R

• Push

git push

• Pull y pull evitando conflictos de merge (Fusión!)

git pull
git pull --ff-only

• Fetch Commits

git fetch

• Create and Switch to a branch

git branch [branch-name]
git checkout [branch-name]

• A veces, no tan a veces también, las cosas no salen bien a la primera
• Merging (Fusionar) es una de esas cosas
• Cuando bajamos un cambio o fusionamos branches esto puede pasar.
• Primera regla: NO ENTRAR EN PANICO!!!
• Revisen el status del repositorio. Qué archivo tiene conflicto?

• Abran ese archivo y busquen los problemas de merge. Es fácil, se ven así:

<<<<<<< HEAD:index.html
<div id="footer">contact : email.support@github.com</div>
=======
<div id="footer">
 please contact us at support@github.com
</div>
>>>>>>> issue-5:index.html

• Editen esa sección, dejen una versión final.
• Hagan commit y push
• Si entran en pánico? Aborten la misión!

git merge --abort t