De usuarios de Bioconductor a desarrolladores: nuestro primer paquete
Hace un par de años creamos la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) porque estabamos consternados con la baja representación de Latino Americanos en la comunidad de Bioconductor y la comunidad de R en general. Para la historia completa checa este blog post.
Desde que creamos la CDSB, un objetivo central ha sido el ayudar a los usarios de Bioconductor en volverse desarrolladores de Bioconductor. Para lograr este objetivo, hemos organizado talleres de una semana en México de bajo costo durante los veranos de 2018 and 2019 en conjunto con los TIBs (NNB-UNAM) y la RMB. Planeamos seguir organizando estos cursos: ¡anunciaremos el evento del 2020 la próxima semana!
Mientras estos talleres nos permiten enseñarle hasta a 40 alumnos en persona durante una semana, hemos tomado prestado métodos de otros para tratar de interactuar con mayor frecuencia y para ayudarlos durante este proceso 1. Pero esta vez fuimos un poco más allá.
En 2018, estudiantes de la CDSB trabajaron durante dos días durante el taller en la creación de paquetes de R/Bioconductor. Una de los alumnos, Joselyn Chávez, retomó el proyecto de regutools y continuó trabajando en él bajo la tutela de Heladia Salgado. Eventualmente organizamos reuniones electrónicas donde Alejandro Reyes y yo asesorábamos a Joselyn, Carmina Barberena-Jonas y Jesus Emiliano Sotelo-Fonseca en que camino seguir.
I just sent @Bioconductor's 2020 conf deadline reminders to @CDSBMexico @LieberInstitute @GenomicsAtJHU @LatinR_Conf @rOpenSci @jhubiostat 🗓️
— 🇲🇽 Leonardo Collado-Torres (@lcolladotor) February 21, 2020
It's the conf that started my #rstats career & I highly recommend it!
BioC usage intro https://t.co/8NaV68vUsAhttps://t.co/ATzkKs7c04 pic.twitter.com/km8vRfyHcY
Hemos sabido desde hace meses que la fecha límite para mandar propuestas de pláticas o posters para BioC2020 es el próximo 3 de marzo. Así que diseñamos un plan que les permitiría enviar regutools a Bioconductor antes de la fecha límite, mandar una propuesta para presentarlo (además de mandar propuestas para presentar sus propios proyectos científicos) para así aumentar las probabilidades de que les otorgen la beca para viajar a BioC2020.
¡Y logramos cumplir ese plan! Bueno, al menos la parte dentro de su y nuestro control. Es decir, checa la solicitud a Bioconductor para que incorporen a regutools. Por lo tanto estamos extremadamente contentos de anunciar que la página web de la CDSB ahora tiene una sección de “Exalumnos Desarrolladores de Bioconductor”
También estamos muy contentos de anunciar que el equipo de RegulonDB nos dio la luz verde para escribir un artículo científico describiendo el proyecto de regutools. Así que próximamente verán un pre-print del proyecto.
Aunque personalmente realmente espero que Joselyn, Carmina, Emiliano y muchos mas ex-alumnos de la CDSB puedan ir a BioC2020 y otros congresos de R.
No podriamos haber llegado hasta aquí sin el todo el apoyo que hemos recibido a través de los años. Así que quiero agradecer a todos nuestros patrocinadores anteriores 2, colegas que nos alentaron a seguir este proyecto, y a ex-alumnos de la CDSB como Joselyn, Carmina y Emiliano quienes creyeron en nuestras ideas y le dedicaron su tiempo libre en hacerlas una realidad.
Aquí los dejo con una pequeña introducción a regutools.
regutools 
El objetivo de regutools es proveer una interace desde R par extraer y precesar datos de RegulonDB. Este paquete fue creado durante una colaboración entre miembros de la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática.
Para más información, por favor revisa el sitio web del proyecto (en inglés) o la página web del paquete en Bioconductor aquí.
Instalación
Puedes instalar la versión oficial de regutools desde Bioconductor con:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("regutools")
## Revisa que tengas una instalación válida de Bioconductor
BiocManager::valid()o la versión en desarrolo de regutools desde GitHub con:
## Mientras el paquete este en revisión en Bioconductor
## esta es la única opción para instalar regutools:
BiocManager::install("ComunidadBioinfo/regutools")Ejemplo
Este ejemplo básico te muestra como usar regutools. Para mayores detalles, revisa la vignette (en inglés).
library('regutools')
## código del ejemplo básico
## Conectate a la base de datos de RegulonDB de ser necesario
if(!exists('regulondb_conn')) regulondb_conn <- connect_database()## snapshotDate(): 2019-10-29## Construye el objeto regulondb
e_coli_regulondb <-
regulondb(
database_conn = regulondb_conn,
organism = "E.coli",
database_version = "1",
genome_version = "1"
)
## Get the araC regulators
araC_regulation <-
get_gene_regulators(
e_coli_regulondb,
genes = c("araC"),
format = "multirow",
output.type = "TF"
)
## Obtén un resumen de la regulación de araC
get_regulatory_summary(e_coli_regulondb, araC_regulation)## regulondb_result with 3 rows and 7 columns
## TF Regulated_genes_per_TF Percent Activator Repressor Dual
## <factor> <factor> <factor> <factor> <factor> <factor>
## 1 AraC 1 33.3333333333333 0 0 1
## 2 CRP 1 33.3333333333333 1 0 0
## 3 XylR 1 33.3333333333333 0 1 0
## Regulated_genes
## <factor>
## 1 araC
## 2 araC
## 3 araCCita el proyecto
Acá te mostramos como puedes citar este proyecto corriendo citation('regutools') en R. Por favor corre este código tu mismo en caso de que haya actualizaciones de como citar a regutools.
citation('regutools')##
## Chávez J, Barberena-Jonas C, Sotelo-Fonseca JE, Alquicira-Hernandez J,
## Salgado H, Collado-Torres L, Reyes A (2020). _regutools: an R package
## for data extraction from RegulonDB_. doi: 10.18129/B9.bioc.regutools
## (URL: https://doi.org/10.18129/B9.bioc.regutools),
## https://github.com/comunidadbioinfo/regutools - R package version
## 0.99.0, <URL: http://www.bioconductor.org/packages/regutools>.
##
## Chávez J, Barberena-Jonas C, Sotelo-Fonseca JE, Alquicira-Hernandez J,
## Salgado H, Collado-Torres L, Reyes A (2020). "Programmatic access to
## bacterial regulatory networks with regutools." _bioRxiv_. doi:
## 10.1101/xxxyyy (URL: https://doi.org/10.1101/xxxyyy), <URL:
## https://doi.org/10.1101/xxxyyy>.
##
## To see these entries in BibTeX format, use 'print(<citation>,
## bibtex=TRUE)', 'toBibtex(.)', or set
## 'options(citation.bibtex.max=999)'.Información para reproducir el código
options(width = 120)
sessioninfo::session_info()## ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## setting value
## version R version 3.6.2 (2019-12-12)
## os macOS Catalina 10.15.2
## system x86_64, darwin15.6.0
## ui X11
## language (EN)
## collate en_US.UTF-8
## ctype en_US.UTF-8
## tz America/New_York
## date 2020-02-29
##
## ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## package * version date lib source
## acepack 1.4.1 2016-10-29 [1] CRAN (R 3.6.0)
## AnnotationDbi 1.48.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## AnnotationFilter 1.10.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## AnnotationHub 2.18.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## askpass 1.1 2019-01-13 [1] CRAN (R 3.6.0)
## assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## backports 1.1.5 2019-10-02 [1] CRAN (R 3.6.0)
## base64enc 0.1-3 2015-07-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Biobase 2.46.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## BiocFileCache 1.10.2 2019-11-08 [1] Bioconductor
## BiocGenerics 0.32.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## BiocManager 1.30.10 2019-11-16 [1] CRAN (R 3.6.1)
## BiocParallel 1.20.1 2019-12-21 [1] Bioconductor
## BiocVersion 3.10.1 2019-06-06 [1] Bioconductor
## biomaRt 2.42.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## Biostrings 2.54.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## biovizBase 1.34.1 2019-12-04 [1] Bioconductor
## bit 1.1-15.2 2020-02-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## bit64 0.9-7 2017-05-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## bitops 1.0-6 2013-08-17 [1] CRAN (R 3.6.0)
## blob 1.2.1 2020-01-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## blogdown 0.17 2019-11-13 [1] CRAN (R 3.6.1)
## bookdown 0.17 2020-01-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## BSgenome 1.54.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## checkmate 1.9.4 2019-07-04 [1] CRAN (R 3.6.0)
## cli 2.0.1 2020-01-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## cluster 2.1.0 2019-06-19 [1] CRAN (R 3.6.2)
## colorout * 1.2-1 2019-05-07 [1] Github (jalvesaq/colorout@7ea9440)
## colorspace 1.4-1 2019-03-18 [1] CRAN (R 3.6.0)
## crayon 1.3.4 2017-09-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## curl 4.3 2019-12-02 [1] CRAN (R 3.6.0)
## data.table 1.12.8 2019-12-09 [1] CRAN (R 3.6.1)
## DBI 1.1.0 2019-12-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## dbplyr 1.4.2 2019-06-17 [1] CRAN (R 3.6.0)
## DelayedArray 0.12.2 2020-01-06 [1] Bioconductor
## dichromat 2.0-0 2013-01-24 [1] CRAN (R 3.6.0)
## digest 0.6.25 2020-02-23 [1] CRAN (R 3.6.0)
## dplyr 0.8.4 2020-01-31 [1] CRAN (R 3.6.0)
## ensembldb 2.10.2 2019-11-20 [1] Bioconductor
## evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
## fansi 0.4.1 2020-01-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## fastmap 1.0.1 2019-10-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## foreign 0.8-75 2020-01-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Formula 1.2-3 2018-05-03 [1] CRAN (R 3.6.0)
## GenomeInfoDb 1.22.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## GenomeInfoDbData 1.2.2 2019-10-31 [1] Bioconductor
## GenomicAlignments 1.22.1 2019-11-12 [1] Bioconductor
## GenomicFeatures 1.38.1 2020-01-22 [1] Bioconductor
## GenomicRanges 1.38.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## ggplot2 3.2.1 2019-08-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## glue 1.3.1 2019-03-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## graph 1.64.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## gridExtra 2.3 2017-09-09 [1] CRAN (R 3.6.0)
## gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Gviz 1.30.1 2020-01-23 [1] Bioconductor
## Hmisc 4.3-0 2019-11-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## hms 0.5.3 2020-01-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## htmlTable 1.13.3 2019-12-04 [1] CRAN (R 3.6.1)
## htmltools 0.4.0 2019-10-04 [1] CRAN (R 3.6.0)
## htmlwidgets 1.5.1 2019-10-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## httpuv 1.5.2 2019-09-11 [1] CRAN (R 3.6.0)
## httr 1.4.1 2019-08-05 [1] CRAN (R 3.6.0)
## igraph 1.2.4.2 2019-11-27 [1] CRAN (R 3.6.0)
## interactiveDisplayBase 1.24.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## IRanges 2.20.2 2020-01-13 [1] Bioconductor
## jpeg 0.1-8.1 2019-10-24 [1] CRAN (R 3.6.1)
## knitr 1.27 2020-01-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## later 1.0.0 2019-10-04 [1] CRAN (R 3.6.0)
## lattice 0.20-38 2018-11-04 [1] CRAN (R 3.6.2)
## latticeExtra 0.6-29 2019-12-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## lazyeval 0.2.2 2019-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## lifecycle 0.1.0 2019-08-01 [1] CRAN (R 3.6.0)
## magrittr 1.5 2014-11-22 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Matrix 1.2-18 2019-11-27 [1] CRAN (R 3.6.2)
## matrixStats 0.55.0 2019-09-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## memoise 1.1.0 2017-04-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## mime 0.9 2020-02-04 [1] CRAN (R 3.6.0)
## munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 3.6.0)
## nnet 7.3-12 2016-02-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
## openssl 1.4.1 2019-07-18 [1] CRAN (R 3.6.0)
## pillar 1.4.3 2019-12-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] CRAN (R 3.6.1)
## png 0.1-7 2013-12-03 [1] CRAN (R 3.6.0)
## prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 3.6.2)
## progress 1.2.2 2019-05-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## promises 1.1.0 2019-10-04 [1] CRAN (R 3.6.0)
## ProtGenerics 1.18.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## purrr 0.3.3 2019-10-18 [1] CRAN (R 3.6.0)
## R.methodsS3 1.7.1 2016-02-16 [1] CRAN (R 3.6.0)
## R.oo 1.23.0 2019-11-03 [1] CRAN (R 3.6.0)
## R.utils 2.9.2 2019-12-08 [1] CRAN (R 3.6.1)
## R6 2.4.1 2019-11-12 [1] CRAN (R 3.6.1)
## rappdirs 0.3.1 2016-03-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
## RColorBrewer 1.1-2 2014-12-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## Rcpp 1.0.3 2019-11-08 [1] CRAN (R 3.6.0)
## RCurl 1.98-1.1 2020-01-19 [1] CRAN (R 3.6.0)
## RCy3 2.6.3 2020-01-12 [1] Bioconductor
## regutools * 0.99.0 2020-02-29 [1] Github (comunidadbioinfo/regutools@0cb5b18)
## RJSONIO 1.3-1.4 2020-01-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rlang 0.4.4 2020-01-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rmarkdown 2.1 2020-01-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rpart 4.1-15 2019-04-12 [1] CRAN (R 3.6.2)
## Rsamtools 2.2.1 2019-11-06 [1] Bioconductor
## RSQLite 2.2.0 2020-01-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rstudioapi 0.11 2020-02-07 [1] CRAN (R 3.6.0)
## rtracklayer 1.46.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## S4Vectors 0.24.3 2020-01-18 [1] Bioconductor
## scales 1.1.0 2019-11-18 [1] CRAN (R 3.6.1)
## sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 3.6.0)
## shiny 1.4.0 2019-10-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## stringi 1.4.6 2020-02-17 [1] CRAN (R 3.6.0)
## stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 3.6.0)
## SummarizedExperiment 1.16.1 2019-12-19 [1] Bioconductor
## survival 3.1-8 2019-12-03 [1] CRAN (R 3.6.2)
## tibble 2.1.3 2019-06-06 [1] CRAN (R 3.6.0)
## tidyselect 1.0.0 2020-01-27 [1] CRAN (R 3.6.0)
## VariantAnnotation 1.32.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## vctrs 0.2.3 2020-02-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## withr 2.1.2 2018-03-15 [1] CRAN (R 3.6.0)
## xfun 0.12 2020-01-13 [1] CRAN (R 3.6.0)
## XML 3.99-0.3 2020-01-20 [1] CRAN (R 3.6.0)
## xtable 1.8-4 2019-04-21 [1] CRAN (R 3.6.0)
## XVector 0.26.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
## yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 3.6.0)
## zlibbioc 1.32.0 2019-10-29 [1] Bioconductor
##
## [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/libraryComo siempre, muchas gracias rOpenSci unconf 2018!↩︎
Los patrocinadores vienen listados en el anuncio del taller de cada año. Si te interesa ser un patrocinador para nuestro taller del 2020, por favor ponte en contacto con nostros. ¡¡Muchas gracias!!↩︎
Leonardo Collado-Torres, PhD
Investigador
#rstats/🧠 genomics @LieberInstitute/ @lcgunam @jhubiostat @jtleek @andrewejaffe alumni/ @LIBDrstats @CDSBMexico co-founder/ @Bioconductor 🚕